新教于19世纪初传入中国， 1807年英国伦敦会传教士马礼逊来华，是基督教新教（以下称基督教）传入中国大陆的开始。1840年鸦片战争后，西方基督教凭借不平等条约获得特权，开始大规模传入中国，从东南地区少数口岸向我内地、边境发展，在华活动的外国差会有130多个。由于传教活动受到列强不平等条约保护，教会受外国差会控制，基督教在中国被称为“洋教”，1949年仅有信徒70万左右。
1950年7月，中国基督教界吴耀宗等40位领袖联名发表“三自宣言”，发起了三自爱国运动，号召教会自治、自养、自传，中国教会从此走上了独立自主自办的道路。1954年7月，中国基督教第一届全国会议召开，正式成立了中国基督教三自爱国运动委员会，吴耀宗当选为第一任主席。会议提出在中国共产党和人民政府的领导下，团结全国基督徒，热爱祖国，遵守国家法令，坚持自治、自养、自传，独立自主自办教会的方针。
1958年各种不同信仰礼仪背景的教会实行了“联合礼拜”。从此中国教会进入“后宗派时期”，基督教的宗派组织在我国不复存在。
“文革”时期，中国基督教一度中止活动。1980 年，中国基督教三自爱国运动委员会恢复活动，召开了第三次全国会议并成立了中国基督教协会，在新的历史条件下继续推进三自爱国运动，开始了按三自原则办好教会的新探索。会议选举丁光训为主席。1996年基督教第六次全国会议，将这一时期的探索总结为坚持“按三自原则办好教会”，必须坚持独立自主、必须坚持爱国爱教、必须努力增进团结、必须大力落实三好（自治要自好、自养要养好、自传要传好），向全国基督徒发出了“一个好基督徒应该做一个好公民”的号召。
随着中国基督教三自爱国运动的发展，过去外国传教士传下来的一些神学思想，与社会的发展、时代的进步不相适应，产生矛盾和冲突。在丁光训主教的大力倡导下，中国基督教界积极探索开展神学思想建设。1998年11月，基督教全国“两会”（中国基督教三自爱国运动委员会、中国基督教协会）在济南召开全体委员会，作出了开展神学思想建设的决议。神学思想建设的主要内容是：如何结合中国国情和文化，阐述基督教的基本信仰及道德规范，使中国基督教与社会主义社会相适应。
2008年1月，中国基督教第八次代表会议在北京召开，傅先伟当选为新一届中国基督教三自爱国运动委员会主席，高峰当选为新一届中国基督教协会会长。
目前，据基督教全国“两会”统计，我国信仰基督教的人数达2305万，教堂及活动点总数超过5万个，有近4000名牧师、3.7万名教职人员和近15万名义工。全国有20所神学院、圣经学校，其中金陵协和神学院为全国性的神学院。共出版发行5800多万册圣经。
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基督教在中国